São Sebastião tem uma controvérsia histórica sobre sua “descoberta”: teria acontecido em 1502 ou em 1532.

A primeira versão conta que, em 20 de janeiro de 1502, a expedição comandada por Gonçalo Coelho, que levava o cosmógrafo Américo Vespúcio, passou pelo canal e avistou a ilha, batizando-a de São Sebastião, em homenagem ao santo do dia.

A segunda versão atribui a descoberta a Martim Afonso de Sousa, em 1532, quando sua expedição passou pela região a caminho de São Vicente.

O escritor Eduardo Bueno, após analisar diferentes referências históricas, considera mais provável a primeira versão, já que portugueses já viviam entre os indígenas antes da chegada de Martim Afonso.

Por isso, 20 de janeiro é celebrado como o aniversário de São Sebastião, além de ser o dia do santo padroeiro.

Antes da chegada dos portugueses, o território já era habitado e defendido pelos povos indígenas. A ocupação portuguesa não foi pacífica e, somente por volta de 1600, começaram a surgir as primeiras construções e a divisão das terras.